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Notes on the Treatment of Charged Particles for Studying Cyclotide/Membrane Interactions with Dissipative Particle Dynamics

  • Different charge treatment approaches are examined for cyclotide-induced plasma membrane disruption by lipid extraction studied with dissipative particle dynamics. A pure Coulomb approach with truncated forces tuned to avoid individual strong ion pairing still reveals hidden statistical pairing effects that may lead to artificial membrane stabilization or distortion of cyclotide activity depending on the cyclotide’s charge state. While qualitative behavior is not affected in an apparent manner, more sensitive quantitative evaluations can be systematically biased. The findings suggest a charge smearing of point charges by an adequate charge distribution. For large mesoscopic simulation boxes, approximations for the Ewald sum to account for mirror charges due to periodic boundary conditions are of negligible influence.

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Verfasserangaben:Felix Bänsch, Christoph Steinbeck, Achim Zielesny
DOI:https://doi.org/https://doi.org/10.3390/membranes12060619
Titel des übergeordneten Werkes (Englisch):Membranes
Verlag:MDPI
Verlagsort:Basel
Dokumentart:Wissenschaftlicher Artikel
Sprache:Englisch
Datum der Veröffentlichung (online):14.06.2022
Datum der Erstveröffentlichung:14.06.2022
Veröffentlichende Institution:Westfälische Hochschule Gelsenkirchen Bocholt Recklinghausen
Datum der Freischaltung:01.12.2022
Jahrgang:12.2022
Ausgabe / Heft:6
Seitenzahl:11
Erste Seite:619
Fachbereiche / Institute:Institute / Institut für biologische und chemische Informatik
Lizenz (Deutsch):License LogoEs gilt das Urheberrechtsgesetz

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