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Scaffold Generator - A Java library implementing molecular scaffold functionalities in the Chemistry Development Kit (CDK)

  • The concept of molecular scaffolds as defining core structures of organic molecules is utilised in many areas of chemistry and cheminformatics, e.g. drug design, chemical classification, or the analysis of high-throughput screening data. Here, we present Scaffold Generator, a comprehensive open library for the generation, handling, and display of molecular scaffolds, scaffold trees and networks. The new library is based on the Chemistry Development Kit (CDK) and highly customisable through multiple settings, e.g. five different structural framework definitions are available. For display of scaffold hierarchies, the open GraphStream Java library is utilised. Performance snapshots with natural products (NP) from the COCONUT database and drug molecules from DrugBank are reported. The generation of a scaffold network from more than 450,000 NP can be achieved within a single day.

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Metadaten
Verfasserangaben:Jonas Schaub, Julian Zander, Achim Zielesny, Christoph Steinbeck
Dokumentart:Preprint
Sprache:Englisch
Datum der Veröffentlichung (online):29.06.2022
Veröffentlichende Institution:Westfälische Hochschule Gelsenkirchen Bocholt Recklinghausen
Datum der Freischaltung:23.12.2022
Fachbereiche / Institute:Institute / Institut für biologische und chemische Informatik
Lizenz (Deutsch):License LogoEs gilt das Urheberrechtsgesetz

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